南通综合保税区于2013年1月3日经国务院批准设立，规划面积5.29平方公里，实行“一区两片”的发展格局。其中，A区位于原南通出口加工区范围内，规划面积1.5平方公里，四至范围为东至新开北路，南至复兴路，西至中天路，北至通启河；B区位于苏通长江大桥东侧2公里处，紧邻规划中的年吞吐量200万标箱的集装箱码头，规划面积3.79平方公里，四至范围为东至开发区与海门市交界，西至农场路，南至长江，北至纬十七路、纬十五路、纬十六路。