统计局下设3个内设机构，分别为：综合统计科（调查队）、工业（能源）统计科、商贸（服务业）统计科。

1、综合统计科（调查队）。定期做好月度监测、经普核算监测、季度经济形势分析、年度工作计划总结等分析预警；定期做好全区基本单位名录库的核查比对和更新维护；定期做好固定资产投资统计、房地产开发统计、建筑业统计、农林牧渔业等统计调查工作；参与普查和抽样调查；协助国家统计局南通调查队开展相关工作。

2、工业（能源）统计科。组织工业企业联网直报，完成相关专业统计工作；及时跟踪、督促企业如实填报相关报表数据；按时完成企业报表数据网上审核验收；定期开展数据质量控制和评估分析；组织业务培训，参与普查和抽样调查；协助国家统计局南通调查队开展相关工作。

3、商贸（服务业）统计科。实施批发和零售业、住宿和餐饮业以及商品市场的统计调查，组织服务业企业及派生性服务业统计监测；及时跟踪、督促企业如实填报相关报表数据；按时完成企业报表数据网上审核验收；定期开展数据质量控制和评估分析；组织统计业务和法制培训；参与普查和抽样调查；协助国家统计局南通调查队开展相关工作。